iCloudはクラウド上にバックアップを取り、最初の5GBは無料でそれ以上は有料です。

対してiTunesはご使用のパソコンにバックアップを作成します。

また、iCloudとiTunesでは連絡帳はiCloudに保存されている等、バックアップできる範囲が異なります。

※ToucID ApplePayの情報と設定内容はどちらにもバックアップはされないのでご注意ください。

詳しくはこちらをご参照ください。